La Biblioteca dei Musei civici si è formata con la costituzione delle prime raccolte archeologiche e storiche cittadine, per soddisfare l'esigenza di documentazione che affianca lo studio dei materiali.

I conservatori e i direttori dei Musei civici che si sono avvicendati negli anni hanno avuto cura di acquisire opere di studio che aiutassero a ricostruire i contesti di indagine e allestire percorsi didattici per valorizzare i materiali conservati: la storia della biblioteca dei Musei civici ripercorre quindi la storia dei musei cittadini.

Il nucleo librario più antico si è costituito attorno al Museo Archeologico Giovio, a partire da alcuni volumi del sedicesimo secolo appartenuti alla biblioteca e all'archivio dei conti Paolo Giovio e Benedetto Giovio e del pronipote Giovanni Battista Giovio pervenuti al Museo per lascito testamentario: insieme a documenti manoscritti che testimoniano le vicende patrimoniali e dinastiche della famiglia, essi aiutano a definire la personalità intellettuale dei fratelli Giovio.

Giambattista Giovio dedicò grande cura alla biblioteca - oggi molto ridotta a motivo di vicende dinastiche - e alla raccolta di lapidi che comprendeva anche quelle avute in eredità da Fulvio Tridi.

La dispersioni di libri della famiglia Giovio, causata da vicende dinastiche, è stata in qualche modo compensata da altri nuclei di volumi e documenti antichi pervenuti in biblioteca in anni successivi. Ma è tra la fine del diciannovesimo e nel ventesimo secolo che la biblioteca ha avuto un grande impulso: ancora nei cataloghi antichi si legge l'intenzione di acquisire in maniera sistematica opere importanti di archeologia e arte, con particolare riguardo al territorio, ma anche repertori generali di confronto per lo studio dei materiali.

Tracce degli antichi conservatori - Cencio Poggi, Santo Monti, Serafino Baserga, Alfonso Garovaglio - si leggono nei volumi raccolti in quegli anni. Sempre nei due ultimi secoli, privati cittadini tra i quali gli Olginati, hanno legato, con lascito testamentario insieme ad altre pregevoli cose, le loro raccolte di libri alla biblioteca del Museo Archeologico Giovio.

Queste raccolte sono di carattere vario e comprendono diari e lettere famigliari, altri nuclei invece testimoniano i precisi interessi culturali dei possessori. Lo stesso stereotipo ha seguito l'organizzazione delle raccolte al tempio voltiano: sempre ai materiali si affiancarono libri.

Alcuni anni dopo l'inaugurazione del Museo Archeologico Giovio, venne aperto il Museo storico Garibaldi, subito arricchito con opere di storia locale e periodici di carattere artistico e storico, accresciuti successivamente sotto la direzione di Mariuccia Zecchinelli Belloni e ancor oggi parte integrante della Biblioteca dei Musei Civici.

Con gli anni i singoli musei cittadini, pur mantenendo le loro peculiari caratteristiche, sono divenuti parte dell'organizzazione dei Musei Civici di Como. Questa articolazione più razionale si evidenzia sul territorio urbano in strutture specifiche: la Pinacoteca Civica, il Tempio Voltiano, il Museo Storico e il Laboratorio di Archeobiologia.

La Biblioteca del Museo Archeologico è così diventata Biblioteca dei Musei Civici e continua a crescere insieme con i musei: recentemente, la raccolta archeologica, ormai consistente e pregevole, è stata intitolata a Ferrante Rittatore Vonwiller, eminente archeologo, già direttore del Museo Archeologico Giovio e presidente della Società Archeologica Comense.

La biblioteca dei Musei, che negli anni passati è stata prevalentemente di supporto al personale specializzato operante nelle strutture museali, a studiosi e studenti di archeologia e scienze affini è ora aperta a tutti.

L'attuale direzione ha voluto la biblioteca al servizio della città e del territorio, attraverso l'acquisto di opere di carattere divulgativo, l'organizzazione razionale dei volumi, la loro collocazione a scaffale aperto. Il nucleo maggiore del patrimonio librario è ora ospitato nelle settecentesche sale affrescate al Museo Archeologico, al secondo piano di palazzo Giovio-Lucini.